Souches bactériennes et fongiques

COMPILATION DES ÉCHANGES AYANT EU LIEU SUR LA LISTE DE DIFFUSION EN DÉCEMBRE 2013, SEPTEMBRE ET NOVEMBRE 2014 SUR LE THÈME DES « SOUCHES BACTÉRIENNES ET FONGIQUES » ET LEUR UTILISATION EN STL-BIOTECHNOLOGIES

SOUCHES BACTÉRIENNES 

12 -17 décembre 2013

1-         12 décembre 2013 :

Bonsoir à toutes et à tous,

Existe-t-il un document officiel mentionnant la liste des souches bactériennes autorisées en manipulation en terminale STL biotechnologies ?

J'ai bien trouvé un tableau de bactéries sur le site 3RB mais, les souches de classe 3 ne sont pas autorisées, et parmi les souches de classe2, comment faire le tri ? ou alors sont -elles utilisables ?

Merci d'avance pour vos réponses,

Magali

2-         13 décembre 2013

Bonjour Magali,

Je te conseillerai de faire ton choix en fonction de l'usage que tu comptes en faire...Dans quel contexte souhaite tu utiliser ces microorganismes etc... Et ensuite il te faut faire toi même une analyse des risques par rapport aux voies de contamination, au degré de pathogénicité (dose infectante) etc.. afin de déterminer en fonction des situations de travail que tu va mettre en place ce qui sera le plus adapté.

Ensuite pour t'aider les souches qui sont commercialisées par l'institut Pasteur sont organisées, il me semble, en "collection enseignement" et autres donc en tapant dans la 1ere tu devrais trouver.

Attention toutefois je pense que certaines de ces souches sont atténuées et certains caractères sont difficiles à voir.

Pour exemple notre souche (que je baptise souche de cirque) de Staph aureus ne pousse pas bien sur Baird Parker, tout comme nos souches de Vibrio qui demandent un traitement spécial pas d'outils métallique, pas de passage des cultures au réfrigérateur, ne résiste pas bien avec d'autres bactéries en mélange...

bref c'est parfois la loterie...

Bon courage

Claire 3-         13 décembre 2013

Les règles de la manipulation de souches microbiennes découlent de la directive européenne du 26/11/1990

Je vous renvoie l'OPERON NSB2 pour avoir les principales dispositions tout particulièrement pour les souches de classe 2 (dont la principale est l'obligation de manipulation sous PSM)

Dans l'EN la circulaire de 1973 (en réalité obsolète) n'est pas formellement abrogée mais s'applique plus aux BTS qu'aux bac …faut pas oublier qu'en 1973 la circulaire s'appliquait aux bac techNIque F7bis qui à l'époque formaient des techniciens diplômés qui allaient travailler en labo à la sortie du bac (ce qui n'est plus le cas depuis 1985 passage au bac techNOLOgique) et étaient donc immédiatement confrontés aux souches pathogènes des produits pathologiques analyses en labo (fallait donc les former pour cela)

A défaut de disposer d'installations réglementaires pour la manipulation de souches de classes 2 on ne peut que recommander de se limiter à des souches de classe 1

Sincères Salutations

Alphonse

4-         13 décembre 2013

Alphonse a évidemment raison règlementairement, si les règlements sont justes…

La circulaire de 1973 ne peut plus guère s'appliquer et conseillait des souches, interdisait des souches mais laissait une certaine liberté entre les deux. Il y a d'ailleurs, pour les BTS ABM, un gros bug puisqu'on ne parle pas des champignons, et en particulier les dermatophytes qui sont forcément pathogènes. Pour avoir un document officiel il faudrait qu'il soit écrit par les autorités compétentes. Vu la façon de se protéger systématiquement de tout risque, nous n'aurons plus le droit de manipuler aucune souche mais encore le droit de postillonner quelques microbes pathogènes vers nos élèves. Mieux vaut donc attendre les calendes grecques pour avoir un texte.

Autre souci : le programme qui prévoit un sérogroupage. Le faire avec des classe 1 va être difficile car personne ne commercialise des sérums pour des bactéries banales de classe 1. Faire le sérogroupage des Salmonelles en STL biotechnologies n'a aucun intérêt vu sa complexité et vu qu'il sera refait en BTS ! Faire celui des E. coli entéropathogènes des nourrissons est bien contestable… Que reste-t-il ?

Pour ce qui est des souches, les acheter permet une soi-disant traçabilité (mais qui peut affirmer 5 ans après l'achat que la souche repiquée est bien la même que la source "officielle")… mais une dépense ridicule. Mieux vaut prendre contact (discrètement) avec un autre lycée pour qu'il fournisse les bactéries et champignons nécessaires. On peut aussi les trouver dans la nature… et les conserver discrètement au cas où par un hasard intempestif, une inspection mettrait en évidence que les souches ne sont pas tracées et officielles (on se demande comment ils vont faire et pourquoi…).

Pour les différentes sources possibles lire : http://techmicrobio.eu/index.php/laboratoire14/souchier/ou-trouver-des-souches

Pour ce qui est des installations, hormis les labos strasbourgeois je n'ai pas encore vu d'installations conformes Y COMPRIS en milieu professionnel. Même "accrédités ou en voie de "… Ce n'est évidemment pas une raison mais je crains que demander des crédits pour manipuler règlementairement, pour un risque somme toute extrêmement réduit (combien d'accidents biologiques ?), ne peut qu'être rejeté par les payeurs. Cela n'empêche pas de prendre des mesures sérieuses pour éviter le danger biologique, mesures que les installations ne suffisent pas à garantir. Les classes 2 peuvent alors être manipulées !…

Bon weekend

Jean-Noël

5-         13 décembre 2013

Il me semble que le programme prévoit un sérotypage (qui va plus loin).

Car pour le sérogroupage nous avons les streptocoques ß-hémolytiques

(classe II pour une bonne partie, bien sûr), qui est plus simple.

Jean-Luc

6-         13 décembre 2013

les règlement ne sont ni justes ni injustes : ils sont réglementaires et donc, comme nul n'est censée ignorer la loi ...,

ne pas les appliquer est toujours possible (comme passer au feu rouge !!) mais gare à la sanction en cas de problèmes,

l'administration ne couvrira jamais un prof qui n'aurait pas appliqué les lois et règlements en vigueur.

Je rappelle que les règlements sur l'utilisation des souches microbiennes ne sont pas une simple circulaire interne à l'EN (comme celle de 1973) mais des lois générales avec des décrets d'application pris en Conseil d'État inscrits dans les codes de santé publique, du travail et de la sécurité sociale

difficile de faire l'autruche en pensant que, comme d'autres n'ont encore rien fait, je peux aussi ne rien faire et passer outre toute cette réglementation empêcheuse de tourner en rond.

Pour info (je crois l'avoir déjà signalé sur la liste) nos collègues allemands qui forment des techniciens d'analyses (un vrai diplôme professionnel, pas un bac général) n'ont, de tout temps, eu accès qu'à des souches de classe 1 !!!! (les analyses faites en Allemagne par ces techniciens sont-elles moins fiables que les nôtres ?)

Sincères Salutations

Alphonse

7-         14 décembre 2013

Suite aux questions sur les souches bactériennes et leurs risques éventuels vous trouverez 2 articles de DNA (Dernières Nouvelles d'Alsace) de hier et d'aujourd'hui suite à un "accident" chimique dans un laboratoire du lycée de Sélestat (qui a déplacé 37 pompiers et 15 véhicules d'intervention pour une "flaque d'acide") avec à la clé une enquête de police pour déterminer "si toute les conditions de sécurité étaient réunies"

Je vous laisse deviner ce qui se passera si l'enquête met à jour des failles ou des fautes ??

Imaginez ce qui ce passera le jour où un incident (ou accident) d'origine biologique devrait être signalé aux autorités !!!

Voir surtout le reportage au lycée Rostand en section BTS BioAnalyses et contrôles fait dans la foulée (une demi page dans le cahier régional et pas seulement dans la cahier local!), preuve que ce genre d'incident a un retentissement médiatique considérable.

Brûler un feu rouge au carrefour se traduit pas une amende (et retrait de point) répandre une flaque d'acide dans un établissement scolaire = descente de police et des pompiers et probablement du procureur de la République et ....

Sincères Salutations

Alphonse

8-         14 décembre 2013

L'analogie avec les feux rouges a des limites me semble-t-il.

Il existe des exceptions à la règle : pour les véhicules d'urgence, pour laisser passer ces véhicules, des situations particulières…

De plus, le feu rouge est un évènement élémentaire dans le code de la route.

Si l'on prend l'exemple du sérogroupage, deux obligations sont contradictoires : je dois le faire faire puisque le programme me l'impose, je n'ai pas le droit de le faire puisque mes installations ne sont pas règlementaires. Il y a donc un choix à faire qui sera forcément problématique. Bien sûr ce n'est que l'école : on peut transposer au LBM face à une urgence ; le traitement du malade prime-t-il sur la manipulation non règlementaire que je vais entreprendre à cause de mon laboratoire non conforme ?

En s'éloignant du risque biologique, je vois dans mon ex-lycée des portes coupe-feux dégradées, attendant une rénovation depuis quelques années. Comment se fait-il que le lycée soit encore ouvert ?

Alphonse me répond :

La réponse à ce dilemme se trouve dans le statut général des fonctionnaires Titre I chapitre IV (des obligations)

article 28

" tout fonctionnaire, quel que soit son rang dans la hiérarchie, est responsable de l'exécution des tâches qui lui sont confiées. Il doit se conformer aux instructions de son supérieur hiérarchique, sauf dans le cas où l'ordre donné est manifestement illégal et de nature à compromettre gravement un intérêt public.

II n'est dégagé d'aucune des responsabilités qui lui incombe par la responsabilité propre de ses subordonnés.."

obliger un prof à faire manipuler des élèves sans que les conditions réglementaires requises soient présentes rentre dans le cadre de cet article

Il pourra même être reproché à un prof d'avoir exécuté un tel ordre dont il savait qu'il était problématique et potentiellement de nature à compromettre un intérêt public (la santé de l'élève)

Le fait qu'une mesure soit règlementaire ne garantit donc pas qu'elle doive être appliquée sans discuter. C'est beaucoup plus complexe.

Sans oublier que personne n'est en mesure de contrôler !!! et de faire appliquer.

Mieux vaut donc faire des analyses de risques et de manipuler en fonction de cette analyse. Prendre conscience des dangers biologiques et des mesures qu'il convient de prendre est beaucoup plus intelligent que d'appliquer des règles parfois mal réfléchies : par exemple, pour les souches possédant une BLSE, que seuls des BTS ABM aguerris vont manipuler, on préconise de les prendre à l'hôpital (en signant une convention) mais de ne pas les garder dans le souchier de l'établissement. Conséquence, il va falloir redemander la souche tous les ans, la transporter (vivante)… et donc augmenter le risque d'accident avec les transferts ! Ajoutons que des DASRI transportés sans autoclavage ne sont-ils pas plus dangereux que des DASRI autoclavés en raison du transport ? C'est pourtant la règle ! (quoique il me semble qu'il y avait un texte imposant un prétraitement…).

Les textes cités doivent donc pris avec mesure vu les différentes contradictions et les réalités de terrain. L'essentiel est de faire en sorte d'éviter tout risque vis-à-vis d'un apprenant ou du personnel (laboratoire, professeur…). Limiter la pollution (en raison des transports), limiter les dépenses inutiles (comme acheter des souches (1), incinérer des déchets non reconnaissables autoclavés…), limiter le travail sont des actions plus importantes que de vouloir respecter à la lettre des règlements souvent inapplicables et en contradiction avec d'autres. Sans oublier qu'il faut les interpréter !

Cela n'empêche pas de faire des progrès dans la sécurité biologique en essayant de se mettre en conformité avec les textes qui peuvent intervenir comme le but à atteindre plus que le règlement impératif. D'ailleurs, le suivi médical imposé pour ceux qui manipulent des souches microbiennes est-il commencé dans vos établissements ? Plus généralement est-il admissible que les professeurs n'aient aucune médecine du travail ?

Pour ce qui est des techniciens allemands, ils sont sûrement bien formés mais manipulant que des classes 1 il ne font pas de Baird Parker, de tests de coagglutination, de sérogroupages, de Yersinia CIN avec des Yersinia, de milieux pour les Salmonelles avec des vraies bactéries… à moins qu'on ne les y initie en entreprise !

Alphonse me répond :

c'est effectivement en entreprise que les techniciens (sous la houlette d'un ancien) se confrontent aux souches de classes 2 mais en utilisant avec intelligence les techniques apprises avec des classes 1

À vous !

Jean-Noël

(1) Admettons que 15 souches soient nécessaires (un minimum), regardons le budget et voyons si les 2250 € nécessaires sont disponibles !

Si, comme certains le disent, il faut renouveler chaque année… que d'argent qui pourrait être consacré à des choses plus utiles.

9-         14 décembre 2013

Bonjour,

Ayant peu d'équipements, nous manipulons uniquement avec des bactéries de classe 1. Après 1 an, nous avons utilisé uniquement 11 souches. Nous travaillons avec des souches bactériennes du commerce :

- Lactobacillus bulgaricus et Streptoccocus thermophilus du ferment lactique Yalacta

- Bacillus thurigiensis de Fertiligène

- Enterococcus faecium de Bioflorina (Sanofi), commercialisé en Suisse (un ami m'a envoyé un flacon)

Nous avons aussi des souches provenant d'autres lycées de la région, mais ayant des BTS, ils ont aussi des classes 2 et peu de classe 1 :

- Escherichia coli K12 CIP 54.124

- Bacillus cereus CIP 70.1

- Pseudomonas putida CIP 52.191

- Serratia marcescens Souche CIP 58.14

- Micrococcus luteus CIP 53.45

- Staphylococcus epidermidis CIP 53.124

- Hafnia alveï CIP 57.31

Si vous avez d'autres bactéries de classe 1 que l'on peut facilement obtenir, nous sommes aussi très intéressés. Merci pour vos réponses.

Mikaelle 

10-      14 décembre 2013

L'INRA Val de Loire vend des souches au tarif de 25€ (contre 35 chez IP)

dont pas mal de classe 1

http://www6.val-de-loire.inra.fr/cirm_bp/Commander-une-souche/Le-catalogue

http://www6.val-de-loire.inra.fr/cirm_bp/Commander-une-souche/Les-tarifs

Sincères Salutations

Alphonse 

11-      17 décembre 2013

Bonsoir Mikaelle

Tu peux également obtenir des souches de moisissure à partir de croûtes de différents fromages.

Tu peux également remplacer le bleu de lactophénol par du bleu de méthylène pour les observer.

Nous avons ouvert la section il y a 2ans et si tu as besoin d'autres astuces n'hésite surtout pas car ce n'est pas toujours facile.

Véronique 

MOISISSURES AU LABORATOIRE    

11 – 13 Septembre 2014

12-      11 septembre 2014

Bonjour à tous,

Une section STL vient de se mettre en place au lycée, et nous récupérons actuellement des moisissures. 

Pour ne pas commettre d'impair côté sécurité je me suis donc penchée sur la question : quelles moisissures récupérer, comment, existe t-il des précautions particulières à respecter avec les élèves etc....

Mise à part quelques site contre les mesures trop "alarmistes" il n'y a rien de sérieux sur les points "sécurité" (peut être qu'il y a des textes mais je n'ai rien trouvé) alors que la classe des bactéries étudiées en tp a diminué ....

Aspergillus fumigatus et flavus sont à l'origine d'aspergilloses pulmonaires chez les personnes dont le système immunitaire est défaillant, ou sous corticoïdes de façon prolongée (et ça peut être le cas de nos élèves)

Donc mise à part pour Penicillium roquefortii, et camembertii ... comment faites-vous? 

La pêche aux moisissures sur des aliments pourris en vue d'une identification me gêne un peu... 

Faite-vous porter des masques aux élèves ?

comment conservez-vous  les moisissures au labo ?

Merci!!

Sandrine 

13-      13 septembre 2014

Le problème des moisissures est un habituel "marronnier" !

La peur de certains face aux moisissures montre un méconnaissance des pathologies liées à ces champignons, comme fort justement rappelé dans le message : seuls des immunodéprimés sévères, en général hospitalisés, sont concernés par ce type de mycoses (non liées donc aux dermatophytes, "moisissures" "toujours" pathogènes).

Nos élèves ou étudiants ne sont pas à l'hôpital mais au lycée. Leur statut immunitaire ne les rend pas sensibles aux moisissures rencontrées chez nous. Si un élève était traité par de la cortisone à haute dose et sur une longue période, il faudrait avant tout qu'il se manifeste (lui ou ses parents ou son médecin) pour que le médecin scolaire, s'il existe, ou un autre médecin estime le risque et détermine la conduite à tenir. Peut être que dans ce cas un masque adapté est préférable. J'avoue n'avoir jamais rencontré un tel cas dans ma carrière. Il est d'ailleurs probable qu'un tel élève ne puisse venir en cours.

Il va de soi que la manipulation au laboratoire doit se faire dans des conditions sérieuses pour éviter toute dissémination de microorganismes quels qu'ils soient. Le nettoyage/désinfection des paillasses est le minimum mais il ne faut pas oublier le dessus des meubles… et autres objets perchés qui peuvent accueillir poussières, bactéries et spores de champignons ! Tous les coins humides sont à risque : regardons nos joints de baignoire ou de douche, souvent plein de champignons même avec un nettoyage sérieux.

La culture provoque évidemment une multiplication importante qui peut rendre plus dangereux le microorganisme. Il n'est toutefois pas sûr que la quantité de champignon obtenue soit très différente de celles des aliments moisis. Là encore, les BPL appliquées normalement doivent limiter considérablement le risque.

Où trouver les moisissures ? Pour la petite histoire, l'Aspergillus fumigatus que nous avions au lycée provenait non pas du souchier mais a été isolé du bac d'hydratation de l'étude à CO2 où il cultivait abondamment à notre insu. Il provenait donc de "l'air" apporté par les utilisateurs, les courants d'air… Les autres souches de moisissures ont été isolées par hasard de géloses contaminées, volontairement à partir de produits alimentaires ou d'aliments moisis ou proviennent de malades (sida). Bien sûr, si l'on applique le principe de précaution, on pourra toujours dire que telle moisissure peut être dangereuse mais si l'on suit un tel raisonnement mieux vaut démissionner. Il ne viendrait pas à l'esprit d'un professeur de cuisine d'utiliser des couteaux en plastique pour découper la viande au prétexte d'un risque, pourtant bien réel, de se couper. Rappelons que nous manipulons des bactéries dangereuses (Salmonella par exemple) sans qu'aucun cas de salmonellose scolaire n'ait été rapporté (bien sûr il peut y avoir des cas cachés ou non diagnostiqués mais pas de décès !).

La conservation des moisissures ne pose pas de problème particulier : une gélose à l'obscurité repiquée tous les ans convient très bien. Se méfier de la température d'incubation : les Penicillium n'apprécient pas du tout 37°C… Par contre, les Aspergillus que nous avons (fumigatus, niger, flavus…) cultivent très bien à 37°C, ce qui ne surprend pas en relation avec leur pouvoir pathogène chez les immunodéprimés sévères. Le milieu peut être une gélose ordinaire, une gélose Sabouraud avec ou sans antibiotiques.

Manipuler avec des masques ne présente aucun intérêt : les spores de champignons ne sautent pas dans l'air comme on pourrait le croire. Sinon, l'isolement serait très difficile. Ajoutons que nous avons réalisé des cultures cellulaires sans antifongiques dans une salle où des élèves ont manipulés des moisissures et cela sans contamination des cellules. Dans les étuves, les différentes cultures ne sont évidemment pas séparées !

Bien sûr, on ne recommandera pas aux apprenants d'ouvrir n'importe comment leurs boites !

Il me semble donc que la peur des champignons n'est absolument pas justifiée. Leur manipulation est intéressante et il serait fort gênant de s'en priver sous des prétextes sécuritaires ridicules. Les risques importants au laboratoire de microbiologie scolaire sont ailleurs : brulures, coupures, électrocution (avec les bacs électriques dans certains lycées), projections dans les yeux (quand on casse les pipettes pasteur), utilisation de produits chimiques (réactifs, méthanal des selles conservées…)… Mieux vaut donc se concentrer sur les accidents potentiels réels que sur le fantasme du danger mycélien ! N'oublions pas que les moisissures alimentaires ont été mangées par d'autres consommateurs.

On peut par contre s'interroger sur l'intérêt du port de lunettes de sécurité au laboratoire de microbiologie.

À vos commentaires

Jean-Noël

NB : aucun cas de mycose liée à des moisissures n'a été rapporté dans les établissements scolaires à ma connaissance. Le seul dont on m'a parlé n'en était pas. Ajoutons que la manipulation de dermatophytes, "moisissures" pathogènes très contagieuses, n'a pas provoqué de mycoses au lycée… Ces champignons ne sont utilisés qu'en BTS ABM (et d'ailleurs DOIVENT l'être puisqu'au programme !)

Remarque : peut-on parler de microbiologie alors qu'une moisissure est un individu visible à l'oeil nu ?

14-      13 septembre 2014

Pour compléter le message de Jean-Noël, peut être faut-il faire attention aux allergies de plus en plus fréquentes désormais. Nous avons eu le cas d’un élève hyper allergique au seul Pénicillium. Il avait dès son arrivée dans le couloir de microbio, des manifestations allergiques très importantes. Les spores semblent donc très volatiles! Suite à cette crise plutôt impressionnante, l’élève était prévenu dès que nous manipulions ces moisissures et était dispensé de TP.

Bonne fin de WE

Sophie

15-      13 septembre 2014

Cet état allergique est fort surprenant et surtout très handicapant s'il est amateur de bleus !

Il serait intéressant d'en savoir plus :

  • l'allergie au Penicillium est-elle bien démontrée ? Est-elle limitée aux seuls Penicillium ? (les Aspergillus sont très proches)
  • se déclenchait-elle à chaque fois que des Penicillium étaient manipulés ? (y compris par d'autres classes)
  • se déclenchait-elle quand des Penicillium étaient manipulés et qu'il ne le savait pas ?
  • toutes les variétés de P. étaient-elles aussi efficaces ?
  • le Penicillium provenait-il effectivement du laboratoire ?

En tout cas, le métier de technicien risque d'être quelque peu difficile pour cet élève…

Jean-Noël

16-      13 septembre 2014

Chère collègue,

    Jean-Noël a fort bien répondu, et je suis très près de me ranger à ses arguments et d'hurler aux souvenirs des jurys de bac qui exigeaient le port du masque pour les manipulations de moisissure - il faudrait aller plus souvent en milieu professionnel voir la réalité des manipulations en bactério y compris dans les services des meilleurs microbiologistes du monde. Ou arrêter de respirer dans sa cave...

    Outre que le masque est inutile, signalons que la taille d'une spore de moisissure rend complètement illusoire le rôle d'un masque en papier bas de gamme comme l'EducNat nous permet d'en acheter... c'est juste pour faire joli (le ridicule tue sans doute davantage).

    Mais bref : pour répondre simplement à ta demande, d'un point de vue pédagogique il me semble utile de disposer de quelques moisissures diversifiées "classiques" (Penicillium, Aspergillus, une ou deux mucorales, devraient largement permettre de former aux principes et techniques de base un élève de STL). Pour se les procurer : fromages (Penicillium), fruits moisis (Mucor), etc., et surtout : lycées de la région !! N'hésite pas à te rapprocher des établissements dont tu es proche, voire à profiter du congrès pour te faire livrer quelques souches (hein ?? mais non je n'ai pas dit de se balader dans le train avec des tubes de bactos...  ;-)  ).

Amitiés

Antoine 

17-      13 septembre 2014

Bonjour

Pour compléter les informations apportées sur les pathologies liées aux moississures, je voudrai signaler l'existence de contamination possible par Aspergillus, lors de la présence d'un  corps étranger dans un sinus maxillaire. Il s'agit la plupart du temps de pâte dentaire injectée par un dentiste lors d'un soin, lorsque la racine de la dent débouche dans un sinus. 

Ces cas ne sont pas si rares que cela et méritent d'être connus. Les conséquences sont des sinusites à répétitions puis une dysplasie fibreuse au niveau des os de la face créant des névralgies,  en particulier lorsque qu un nerf se trouve emprisonné.

Bien entendu la présence de ce corps étranger dans le sinus n'est découvert qu'à l'occasion d'une radio panoramique dentaire.

Pas de quoi se priver de l'étude des champignons microscopiques en laboratoire mais s'informer des voies de transmission pour prendre les mesure de prevention adaptées.

Agnès 

MICROORGANISMES DE CLASSE 1    

6 – 8 novembre 2014

18-      6 novembre 2014

Bonjour à toutes et à tous,

Je suis en pleine réflexion sur la réorganisation du souchier et son adaptation aux activités technologiques issues de la réforme STL. Je voudrai donc mettre l'accent sur les souches de classe 1.

Malheureusement mes recherches me conduisent à des documents assez anciens :

- Arrêté du 18 juillet 1994 modifié par les arrêtés du 17 avril 1997 et du 30 juin 1998(site 3RB)

- tableau fourni par l'institut Pasteur et l'INRS (NDLR : en pièce jointe N°1 et N°2) qui reprennent également ces arrêtés.

Un doute persiste pour certaines souches que je ne trouve pas dans ces tableaux et qui par déduction devraient être de classe 1 :

- Aspergillus niger

- Mucor (dont je ne connais pas le nom d'espèce)

- Citrobacter freundii

- Serratia marcescens

- Candida krusei

- Acinetobacter genomospecies

Pour les bacilles gram -, l'institut Pasteur que j'ai contacté m'a dit, qu'à leur connaissance, le seul bacille Gram - de classe 1 était E. coli non pathogène. Du coup je reste dubitatif.

De plus, vu le caractère pathogène opportuniste de certaines souches citées ci-dessus, j'ai du mal à croire qu'elles soient classées dans le groupe 1.

Est-ce que quelqu'un pourrait me confirmer qu'il s'agit bien de souches de classe 1 ou me fournir un document plus récent qui m'aiderait dans mes recherches ?

Merci d'avance pour vos réponses.

Romuald 

19-      6 novembre 2014

Bonjour,

Tu trouveras des infos sur Baobab :

http://www.inrs.fr/accueil/produits/bdd/baobab.html

Laurence 

20-      6 novembre 2014

Le principe de la liste qui résulte d’une directive européenne, est de recenser tous (pour autant qu’ils sont connus) les agents biologiques pathogènes (soit pour l’homme et les animaux soit pour les végétaux)

Tout microbe qui n’y figure pas est par conséquent réputé non pathogène (mais la liste est en évolution pour tenir compte des découvertes qui se feront inévitablement et périodiquement il y a des mises à jour) et donc classe 1

Pour E. Coli ce sont les souches K12 et dérivées  qui sont classe 1 (ce sont en général celles utilisées pour les manip de génie génétique)

Alphonse

21-      6 novembre 2014

Bonjour,

Le problème est de savoir pourquoi n'avoir que des classes 1 dans le souchier…

Bien sûr il y a la règlementation si les installations ne sont pas de type L2. Ceci dit, hormis dans les installations particulières de Strasbourg (voir document NSB publié par l'UPBM), tous les laboratoires des lycées utilisant des classes 2 sont de fait considérés comme règlementaires… Aucun texte n'interdit donc la possession de classe 2 dans ces conditions.

Les textes anciens cités sont les seuls existants. Il peut y avoir de temps à autre quelques rectifications publiées au JORF ou au JO de la CE.

La philosophie du texte est de mettre en classe 2, 3, ou 4 des organismes pathogènes, c'est-à-dire qui provoquant des infections. Cette opération est facile à dire mais plus difficile à faire. On lit par exemple "E. coli (à l'exception des souches non pathogènes" classe 2 dans le texte.

Qu'est ce que cela veut dire ?

Comment déterminer si une souche est pathogène ?

Le cas des E. coli responsables des cystites (UPEC) est très symptomatique : non pathogène pour la plupart des individus, pathogènes chez certaines personnes (et le plus souvent par autoinfection).

Il n'est donc pas possible (sauf étude génétique poussée) d'affirmer qu'un E. coli (comme nombre de bactéries) est ou non pathogène (surtout qu'il faudrait en plus interroger les animaux !). La règlementation n'est donc pas réellement applicable sauf pour des microorganismes sont la pathogénicité est élevée et bien connue. Pour rejoindre les débats d'actualité, on est face à un texte de bureaucrate ! dont il ne faut toutefois pas nier l'utilité pour faire prendre conscience aux utilisateurs de faire attention au stockage et à l'utilisation de leurs souches microbiennes.

Dans le cas des Entérobactéries, la réponse de l'Institut Pasteur est profondément fausse : Citrobacter, Serratia et Acinetobacter ne sont pas dans la liste et sont donc de classe 1. Cela n'empêche pas ces souches d'être pathogènes chez les immunodéprimés, en particulier pour Serratia et Acinetobacter baumanii. L'institut Pasteur ouvre son parapluie bactéricide…

Pour Aspergillus, seul fumigatus est mentionné. Les autres sont donc de classe 1 ! Et pourtant; la souche que j'ai utilisé de ce champignon avait été isolée de l'environnement du lycée (dans le bac à eau de l'étuve à CO2) alors que les A. niger provenaient de malades… Peut-être que le ménage n'était pas bien fait dans le laboratoire ! Ajoutons que les pathologies à Aspergillus ne concernent que des immunodéprimés sévères qui sont à l'hôpital (et éventuellement quelques paysans recevant une dose massive de spores).

Il me semble donc, et le risque d'être contredit par des autorités compétentes avec de vrais textes et de vrais débats est mince, qu'il faut être réaliste et rigoureux : le souchier doit être sécurisé, les microorganismes utilisés avec intelligence (pas de souches notoirement pathogènes avec des débutants ou des maladroits ou quand cela n'est pas nécessaire), bonne traçabilité (fichier des souches utilisées et de leur origine si elle ne se perd pas dans la nuit des temps). Le cas des Klebsiella à BLSE est typique : les tubes de souches doivent porter une étiquette mentionnant le danger et l'utilisation uniquement en BTS ABM 2ème année (ou DUT), conservation de la souche plutôt que d'aller la chercher à l'hôpital en augmentant les risques avec le transport, etc…

La conservation n'est pas "autorisée" mais l'analyse de risques est claire. C'est elle qui est importante et en cas de problème (jamais vu en 35 ans sur toute la France scolaire) le juge ne s’intéressera pas seulement à la loi mais aussi à la façon de travailler des personnes concernées…

Il faut donc prendre soin particulier de toute manipulation présentant un risque pour l'élève, le professeur et l'environnement. Les mêmes remarques peuvent être appliquées en biochimie.

J'espère être assez clair. Quand vous voudrez faire un sérogroupage ou une coagglutination de S. aureus, n'oubliez pas de prendre une souche de classe 1 ! Ce sera très difficile à appliquer !!! Espérons que ce ne soit pas au programme !

Cordialement et en attendant bien sûr les contre-arguments argumentés (autrement que "c'est la loi", vision bien simpliste des réalités quotidiennes dans tous les domaines car le droit c'est pire que la biologie pour la complexité de l'interprétation et de la connaissance !!!).

Jean-Noël

22-      6 novembre 2014

Bonjour,

J'utilise la base de données INRS et si rien ne sort c'est que le microorganisme est de classe 1 : http://www.inrs.fr/accueil/produits/bdd/baobab.html

Pour Aspergillus niger : j'ai trouvé cette synthèse http://www.ec.gc.ca/ese-ees/default.asp?lang=Fr&n=87F8F8B9-1#toc64

 (NDLR : en pièce jointe N°3)

En tapant sur un moteur de recherche le nom de la bactérie avec ATCC on tombe sur des fiches qui donne de très nombreuses informations cf PJ pour Citrobacter.

Claire 

23-      6 novembre 2014

Et j'ai aussi utilisé le catalogue Pasteur en ligne :

http://catalogue.crbip.pasteur.fr/crbip_catalogue/faces/recherche_catalogue.xhtml

Lorsque la classe n'est pas précisée, c'est une classe 1 a priori...

Laurence 

24-      6 novembre 2014

Le document que Claire a déniché est très intéressant mais, outre une lecture difficile par l'approfondissement important de l'étude, risque de se conclure dans nos têtes par : les Aspergillus c'est très dangereux, ça peut provoquer des infections de l'œil, des os, des… , ça produit des toxines cancérogènes etc…

Il faut donc interdire leur manipulation (et même leur existence).

Au niveau des toxines, on a l'habitude de les réserver aux Aspergillus flavus… On a là la preuve que c'est fréquent chez les Aspergillus, et une recherche précédente m'a montré que les espèces mycéliennes productrices sont très nombreuses… Il semble clair que manger des produits moisis n'est pas forcément dangereux mais qu'il vaut mieux éviter !

Au niveau des infections évoquées, il est clair que leur nombre et infime et dépend avant tout de l'état des patients. Nous ne pouvons résumer notre approche des microorganismes à un danger "microscopique" comme on éviterait tout médicament parce qu'un effet secondaire exceptionnel surviendrait.

Il me semble donc raisonnable de dire que l'on peut manipuler (dans des conditions habituelles de sécurité au laboratoire) des Aspergillus. Si l'on a peur, mieux vaut changer de métier !

Merci à Laurence de rappeler l'existence de baobab

Bonne journée

Jean-Noël

25-      6 novembre 2014

et pour inciter les élèves à utiliser BAOBAB, chez eux, dans le bus, pendant une AT en absence d'ordinateur dans la salle : incorporer ce QR code dans leur document pour qu'ils le « flashouillent »  s'en servent et le mettent dans leur favoris ! (NDLR : en pièce jointe N°4)

Sébastien 

26-      7 novembre 2014

Merci à tous pour vos réponses et vos ressources.

Tout ceci confirme mes doutes et permet d'avoir davantage de recul sur les souches que nous possédons.

Si on réfléchit, il y a un biais évident puisqu'il est toujours difficile et même illogique de classer un individu dans un groupe sous prétexte qu'il n'appartient à aucun des groupes existant. Cette façon de classer conduit forcément à prendre des raccourcis qui laissent planer des incertitudes peu rassurantes.

Toutes ces informations sont néanmoins importantes car elles vont me permettre de relativiser et d'adapter mes souches au niveau et aux capacités des élèves. Je suis, en effet, d'accord sur le fait qu'il est difficile de se passer de certaines souches de classe 2 et ce, même en pré-bac (je pense notamment à S. aureus et P. aeruginosa) d'autant que les labos ont été équipés dans ce sens. Mais je trouve intéressant d'avoir toutes les clés en main pour choisir de remplacer certaines souches de classe 2 par des souches "pseudo classe 1" dont le pouvoir pathogène est moindre ou reste à prouver ;)

Affaire à suivre si la classification évolue mais, après tout, ceci prouve encore une fois que nous sommes capables de nous adapter.

Bonne continuation.

Romuald

27-      7 novembre 2014

Une petite remarque pour rajouter à la complexité du problème. En commandant des souches de référence chez différents fournisseurs (Pasteur ou AES), notre technicienne s'est aperçue que la même souche n'était pas forcément classée de la même façon en France et aux USA (AES fait venir ses souches des US!). 

Bon week-end

Anne

28-      7 novembre 2014

Attention

La classification des microorganismes en classes (2,3 ou 4 et par défaut en 1) résulte certes au départ de données cliniques mais surtout d’une directive européenne (donc une loi) qui s’impose même si elle semble contestable (comme toute les lois !, style feu rouge en rase campagne comme il y en a un près de chez moi !!)

La manipulation de germes de classe autres que 1 doit donc répondre aux exigences réglementaires issues de la même directive (traduite en France dans le code du travail), la constatation que l’équipement des laboratoires n’est pas conforme mais qu’on a tout fait la chose, ne suffit pas pour passer outre.

La responsabilité du professionnel (= le prof BGB) sera pleine et entière en cas de pépins avec un élève surtout s’il est mineur

Certes il sera pas facile à l’élève ou ses parents de démontrer que le pépin est directement lié à la manipulation non conforme d’un germe de classe 2 mais les « en..nuis » pour le prof seront bien réels (en particulier faudra pas compter sur l’administration pour couvrir le fautif)

Petit rappel : je l’ai déjà signalé plusieurs fois, dans les lycées en Allemagne, dans les sections équivalentes au BGB, de tout temps seul des germes de classe 1 sont manipulés

PS2 : quand on connait la multirésistance potentielle et souvent réelle de Ps aéruginosa (voir sa totale résistance à tout antibiotique disponible) de même pratiquement pour le Staph doré il vaut peut-être mieux les laisser de coté hormis en BTS ABM

Alphonse

29-      8 novembre 2014

Bonjour à tous,

Je pense également qu'il est inutile d'utiliser des bactéries autres que de classe 1 en pré-bac STL.

Il est aisé de remplacer un Staphylocoque aureus par un autre Staphylocoque ou par un Micrococcus luteus 

Micrococcus luteus est un germe intéressant en formation : il est catalase plus, Aérobie stricte et pigmenté en jaune. Et sans dangerosité...

Pour les Pseudomonas, c'est pareil. On peut aisément favoriser d'autres Pseudo que aeruginosa. Et si l'objectif est d'avoir des bg- ox+, Certains Vibrio ou Aeromonas présenteront moins de risque et une oxydase bien plus facile à mettre en évidence.

Remarque : les Staphylocoques aureus ne sont pas tous dorés (et les dangereux ne sont pas forcément les dorés) et ils ne sont pas tous multirésistants aux Antibiotiques. Tout comme les Pseudomonas aeruginosa, beaucoup ne sont pas résistant non plus. 

Dans notre ''souchier'' au lycée, nous avons par exemple des Staphylococcus aureus sensibles aux pénicillines / Il y en a même sans coagulase... Au sein d'une même espèce bactérienne sont rassemblé des germes très différents, avec une dangerosité très variable...

Cédric 

30-      8 novembre 2014

Comme je l’ai signalé dans un autre message la classification découle d’une directive européenne, il n’y a aucune raison que les USA s’alignent sur nous (je ne sais pas si cela fera partie des négociations trans-atlantiques ??) mais ce qui compte c’est la classification d’ici

Pour avoir des souches conformes au droit européen on peut aussi les commander en Allemagne auprès du DSMZ (si Pasteur ne les a pas)

Voir :  http://www.dsmz.de/catalogues.html

Alphonse 

31-      8 novembre 2014

Bonsoir,

Je ne pense pas que l'on puisse si simplement remplacer S. aureus par un Micrococcus si l'on souhaite faire une coagglutination…

Les Pseudomonas aeruginosa ne sont pas non plus les bactéries horribles et qui doivent faire peur. Dans le souchier dont parle Cédric, il y en a …chut… provenant de l'eau de Seine ! Dans l'infusoire réalisé cette année, il y a aussi des P. fluorescents (au moins pyoverdine + et oxydase +).

Arrêtons d'avoir peur de notre ombre… et attention aux manipulations nouvelles conduisant à réaliser des mini-stations d'épuration,  des colonnes de Winogradski, etc… où l'on ne sait quels microorganismes cultivent… (comme pour les infusoires)  Si nous exprimons notre peur, nous pourrons toujours avoir recours à l'ordinateur et les simulations qui tueront la STL comme les STI2D.

Et pour le fun, n'oublions pas que la grippe, qui fera des ravages comme chaque année en France, va faire entrer dans les classes non sécurisées des agents de classe 2 ou parfois 3 (selon le virus concerné).

La microbiologie est une science qui permet aux élèves de manipuler vraiment des choses réelles. Il ne faut pas l'abandonner sous des prétextes sécuritaires…

D'autant qu'aucun texte (me semble-t-il) n'interdit les classes 2 en STL puisque ce sont les installations qui déterminent les possibilités (niveau L2). D'ailleurs quand les programmes ont été faits, il n'avait pas été question de limiter aux classes 1 dans les lycées ayant des BTS, donc censés avoir des laboratoires de classe 2.

Pour prolonger le débat, bientôt on va nous interdire de manipuler de la soude à 0,1 mol/L et autres produits très dangereux (1). Il faut résister absolument à ce délire sécuritaire sans fondement. Il faut bien que les élèves, c'est-à-dire nos enfants, soient confrontés aux dangers de la vie. D'ailleurs, ne viennent-ils pas au lycée avec tous les risques de la rue et des moyens de transport ? La sécurité c'est limiter les risques, pas les supprimer. Sinon fermons boutique (pensons aux professeurs d'EPS : pourront-ils emmener les élèves à la piscine en raison du danger de noyade ?…)

Et pour terminer sur un autre problème amusant : on ne peut plus dire les vieux. C'est pourtant un vieux qui déblatère… Mais comme personne âgée n'est guère plus seyant, le vieux propose de dire "non jeune" !!!

Jean-Noël  .."non jeune"

(1) dans ma dernière année d'enseignement, lors de la manipulation du biuret, une élève a eu une projection de soude (concentrée) près de son oeil. J'avais eu la bonne idée de leur faire porter les lunettes de sécurité (ouf !). Mais cette élève, qui n'était pas une lumière, au lieu de le dire, a attendu d'avoir mal pour me prévenir !!! Bien sûr, l'attaque était superficielle, mais m'a montré qu'il fallait aussi comprendre que certains cachent ou veulent cacher l'incident croyant que la foudre va les atteindre… Comme quoi, vouloir manipuler dans de bonnes conditions de sécurité est un sport difficile…

D'ailleurs cet incident me rappelle des élèves ayant fini leur travail en TP et enlevant leur lunettes alors que d'autres travaillaient encore sur la paillasse voisine…

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