Sources de souches microbiennes

 
 
Résumé des échanges ayant eu lieu en janvier 2017 sur la liste UPBM au sujet des moyens de se procurer des souches (de mycètes en particulier, mais pas seulement) pour le laboratoire, à partir du constat que l’Institut Pasteur ne commercialise plus certaines souches (Vincent).
 
Synthèse en trois parties, réalisée par J-Luc Pruvost :
–    les fournisseurs
–    isolement des souches de l’environnement
–    mise en place d’une procédure d’échange (proposition)
 
Fournisseurs :
- https://www6.inra.fr/cirm/Levures/Comment-commander (Nous n’avons pas encore commandé mais avions l’intention de le faire sous peu – Anne)
- sur le site Brouwland, sont commercialisés des ferments pour la fabrication des fromages, yaourts, production de bière, vin saké, et pas cher du tout – Stephanie
- catalogue de chez Humeau. On y trouve des souches de bactéries et Candida ((lyophylisées en stick) à 70 € (c’est cher…), des ferments destinés à l’IAA à 4-10 € (c’est mieux !). Par exemple : le ferment d’affinage GCB Lyo c’est un Geotrichum, PC PSM2 lyophilisé c’est un Penicillium – Géraldine
- parfois moins cher : www.agrodirect.fr (Stephane).

Isoler de l’environnement (aliments et autres) :
Jean-Noël propose des sources possibles avec une réflexion sur les risques associés :
Il est bien évident qu’acheter ces souches n’a pas d’intérêt pour le budget du lycée… Il faut :
- se rapprocher d’un autre établissement qui pourra vous donner les souches souhaitées
- isoler de la nature ce souches : simple pour les Aspergillus, Rhizopus-Mucor et Penicillium (ne serait que celui des fromages bleus), plus délicat pour les Candida bien que ce soit possible à partir des bouches des apprenants !
 
Le danger présenté par ces souches est, pour les moisissures, NUL : seuls des immunodéprimés sévères peuvent présenter une grave mycose mais ils ne sont pas assez vaillants pour être en classe. Des aspergilloses sont possibles en cas de contamination massive (genre poumon du fermier qui entre dans un silo tout moisi). Bien sûr, penser que le Penicillium des bleus est dangereux confine à la grande bêtise ! Pour les levures comme Candida albicans (classe 2) on peut discutailler du danger mais les BPL sont là pour limiter le risque !

Avant ma retraite, tous les champignons de notre souchier provenaient de l’environnement ou des bouches des étudiants (bons TP à faire !). Quelques Aspergillus provenaient de produits pathologiques de sidéens de même que les Cryptococcus neoformans (récupérés à l’hôpital mais pas achetés évidemment)
 
[Réaction d’Antoine : Nous avons isolé de la bouche d’une étudiante de ABM2 cet automne un superbe Candida albicans, bien plus beau que celui du souchier (tube germinatif et chlamydospores de compétition !!!!).].

Il est possible de passer une convention avec les hôpitaux pour la fourniture si l’on a peur des foudres de la justice.Toutefois, aucun établissement n’est capable d’affirmer que la souche utilisée pour tel TP provient du lyophilisat acheté chez un fournisseur agréé, surtout si la souche date de quelques années. N’oublions pas non plus qu’aucun accident microbiologique n’est observé dans les lycées à ma connaissance, ce que je peux affirmer pour celui où j’ai exercé durant de nombreuses années ! Mieux vaut avoir peur des produits chimiques y compris ceux utilisés en microbiologie.
 
Pascal indique quelques propositions, pour faire réaliser une recherche de souches directement par les élèves ou étudiant(e)s, notamment à partir de produits agro-alimentaires :
- Levures : isoler sur gélose Sabouraud le fond d’une bouteille de bière belge sur lie (Chimay®, Maredsous®, Moinette®, Lucifer®, Hoegaarden®…), cela fonctionne très bien. Incuber à 28/30 °C. Au passage, l’observation microscopique à l’état frais est très intéressante, on observe notamment des cristaux minéraux dans la Hoegaarden®. On peut procéder de même à partir d’un cidre artisanal. Intérêt gastronomique : le(la) collègue déguste la veille au soir à l’apéritif la bière en question, sans agiter la bouteille évidemment, avec des petits cubes de mimolette française “vieille cassante” (demandez la à votre artisan fromager, c’est autre chose que la mimolette ordinaire) saupoudrés de sel au céleri, puis récupère le fond de la bouteille dans une petit flacon, et le tour est joué ! Ces souches sont très bien conservées à -20 °C dans une solution de glycérol à 20 % final. Elles présentent, de plus, des pouvoirs fermentaires différents. Petite remarque annexe : si vous grattouillez un peu de la croûte de la vieille cassante sur une lame et observez directement le prélèvement recouvert d’une lamelle, vous verrez des acariens… ce sont toujours des protéines d’origine animale !
- Bactéries lactiques : isoler un yaourt frais, ou yaourt à boire ou fromage blanc sur des géloses au lait et/ou MRS, incuber à 30 °C et 40 °C, les souches sont plus ou moins chatouilleuses quant à la température de croissance.
- Moisissures de l’environnement : dans des boîtes de Petri vide, étaler du marc de café ou environ 10 mL de jus de citron ou une tranche de citron ou un morceau de pain humide (tout ceci notamment pour des Aspergillus et Penicillium) ou une tranche de tomate (pour récupérer du Fusarium (ou un de ses petits frères !) ou (à la saison !) un morceau de pêche pour récupérer Mucor ou Rhizopus ou un de leurs petits camarades
- Moisissures de production agro-alimentaire : faire une empreinte de croûte de Camembert sur Sabouraud + chloramphénicol ou + gentamycine, histoire de limiter la croissance des bactéries lactiques et surtout des contaminations bactériennes ; isoler à la pipette boulée le contenu d’une caverne de Roquefort ou de fourme d’Ambert, ce qui donnera souvent des colonies de Penicillium et Geotrichum. A partir d’un fromage, il peut être judicieux de préparer une émulsion à l’aide d’un fragment de fromage dans une solution stérile de citrate de sodium à 200 g.L-1 en chauffant vers 50/60 °C puis en isolant son contenu sur la gélose.
 
Antoine précise :
J’ajoute qu’au rayon bio-machin-sans_gluten-truc-mange_du_vent_tu_seras_pas_malade des supermarchés ou des boutiques bio_bizarres, on trouve des ferments lactiques standards et alternatifs en vente pour fabriquer des yaourt et des pseudo-“Activia” maison. Sinon, on peut aussi ajouter un peu d’Actimel® à une gélose MRSA pour y repiquer les ferments de l’Actimel® lui-même.
 
Françoise complète le message de Pascal :
Pour compléter ces propositions, il est très facile de cultiver du Mucor à partir de la croûte de la tomme de Savoie.
Il suffit de placer quelques morceaux de croûte à l’envers sur une gélose Sabouraud choramphénicol et après 3 jours à température ambiante vous pouvez obtenir un mycélium aérien très caractéristique et le repiquer.
À partir d’une suspension de 10 g de camembert (croûte et intérieur) dans 90 mL d’eau peptonée et étalement sur une gélose Sabouraud chloramphénicol de la suspension et des dilutions 10-1 et 10-2, les élèves obtiennent beaucoup de colonies de Geotrichum et beaucoup plus rarement de colonies de Penicillium camenberti. Les deux donnent des colonies blanches et pour distinguer le P. camenberti du Geotrichum, en dehors de l’examen microscopique, l’aspect des colonies de Penicillium est velouté (et a une hauteur plus importante).
Mettre en place une procédure d’échange (souchothèque virtuelle) interlycées ?
 
Vers une bibliothèque d'échanges ?
Philippe propose :
Une souchothèque virtuelle sur le site de l’UPBM serait un outil intéressant, moyennant quelques contraintes.(…) Classe 2 : le chef d’établissement (CE) demandeur contacte son homologue disposant de la souche qui l’intéresse. Ils se mettent d’accord sur les conditions de transfert : copie des documents d’origine de la souche, conditions d’expédition dont l’emballage (qui au total est triple, étanche et signalé « risque biologique » et identification complète de l’expéditeur et du destinataire). Tous ces documents sont archivés au titre de la traçabilité.
Contrainte supplémentaire : seules les souches commercialisées sont échangeables. Les autres ne sont pas censées exister…
 
Antoine réagit :
L’idée est bonne… je la mets de côté. En même temps, je ne vois pas comment un labo de lycée peut garantir que la souche dont il dispose et qu’il a repiquée depuis 20 ans est celle de départ – c’est même très rarement le cas à mon avis : y a qu’à voir la disparition progressive de caractéristiques phénotypiques pourtant “caractéristiques” justement. On a des bactéries qui ne présentent même plus les résistances naturelles aux antibio !! Les souches du souchier sont des mutants de mutant de mutant – la pression de sélection est ridicule et les divergences génétiques doivent être la règle au bout de quelques années…
Les lycées ne sont pas accrédités, mais le fait d’avoir, selon une procédure normalisée, redémontré l’identité d’une souche devrait suffire – qu’on fasse attention à utiliser du classe 1 en STL et qu’on garantisse que ce soit du classe 1 me semble assez compréhensible. Qu’un étudiant de ABM, formation professionnelle, doive manipuler du classe 2 étiqueté Pasteur plutôt que du classe 2 quelconque, alors même qu’il manipulera sans nul doute possible du classe 3 non étiqueté pendant ses 7 semaines de stage : la logique m’échappe…
 
 

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